依諾肝素鈉是由豬腸粘膜提取的肝素鈉，經酯化後得到的肝素苄基酯鈉衍生物，再通過鹼裂解生成的低分子量肝素鈉。結構上，由許多複雜的未定性的低聚糖組成。大部分的低聚糖在糖鏈的非還原末端具有4-烯醇吡喃糖酸，在糖鏈的還原末端具有1,6-脫水結構佔全部糖的15~25%；
依諾肝素鈉的重均分子量在3800~5000之間，分子量＜2000的低聚糖質量百分比在12~20%之間，分子量2000~8000的低聚糖質量百分比在68~82%，按干品計每毫克抗Xa因子的效價在90~125IU，抗Xa與抗IIa的比值在3.3~5.3之間；
依諾肝素鈉通過與抗凝血酶III（AT-III）結合，催化滅活凝血因子IIa、Xa、IXa、XIa和XIIa，其中，主要通過抑制Xa發揮抗凝作用。